Este trabajo tuvo como objetivo comparar y estandarizar un protocolo eficiente para la extracción de ADN de fragmentos de tejido de Podocnemis expansa y evaluar el poder informativo de los marcadores moleculares RAPD e ISSR para el análisis de la estructura genética de la especie colectada en el entorno del parque Nacional do Araguaia, Tocantins, Brasil. El método de extracción fue estandarizado a partir de la evaluación de tres diferentes protocolos permitiendo la obtención de ADN de buena calidad y en cantidad adecuada para las reacciones de RAPD e ISSR. La razón A de las muestras presentó un valor entre 1.8 a 2.3, indicando que estas presentan baja contaminación por proteínas y que los ADNs podrían ser utilizados para evaluar el poder informativo de los marcadores RAPD e ISSR. Los dos marcadores demostraron ser una herramienta eficiente para estudios genéticos de P. expansa