Blastocystis sp. es un parásito de distribución mundial, que se transmite por vía fecal-oral, colonizando el tracto gastrointestinal, tanto de animales como de humanos. Existen múltiples factores que favorecen su transmisión tales como el pobre saneamiento, el consumo de alimentos contaminados y la propagación de vectores. Este parásito ha despertado gran interés científico y clínico en los últimos años, por su potencial asociación con enfermedad; sin embargo, no ha sido posible establecer con exactitud su rol patógeno. También ha sido considerado agente oportunista, por su alta prevalencia en pacientes inmunosuprimidos, específicamente en aquellos con VIH/SIDA y cáncer. Actualmente, en el GenBank se han descrito secuencias de 33 subtipos (STs) diferentes, si bien en la literatura solo se encuentran reportados 17 subtipos hasta el momento, de los cuales 9 han sido aislados en el ser humano. Aunque buena parte de los estudios reportan a ST3 como el de mayor prevalencia, unos cuantos autores sugieren predominio de ST1 y ST4 en ciertas zonas, indicando que algunos subtipos varían dependiendo de la distribución geográfica. Varios de estos STs se han relacionado directamente con sintomatología gastrointestinal aguda y crónica e incluso con manifestaciones clínicas extraintestinales, encontrándose con mayor frecuencia el ST3 en pacientes sintomáticos, generalmente seguido de ST1 y en algunos casos de ST2. Además, se han reportado infecciones mixtas, de las cuales la más común se ha presentado entre los ST1 – ST3. En Latinoamérica, y particularmente en Colombia, se han desarrollado pocas investigaciones orientadas a identificar y definir la prevalencia, coinfección y potencial patógeno de las diferentes formas y subtipos conocidos de Blastocystis sp., por lo cual el conocimiento que se tiene hasta el momento es escaso e inespecífico, requiriéndose más estudios que permitan obtener mayor información al respecto.