La historia natural de la neoplasia intraepitelial en la vagina es pobremente interpretada. Los factores y el tiempo requerido para que una displasia progrese a carcinoma invasivo no son conocidos. La asociación frecuente de carcinoma de la vagina con cáncer de la vulva y del cervix sugieren un factor carcinogénico común. La displasia intraepitelial vaginal a menudo es multicéntrica.