Introducción. El crecimiento en el número de facultades de Medicina en Colombia ha sido acelerado y sin un estricto control por parte del Estado, por lo que existen muchos aspectos cuestionados, incluyendo su capacidad para generar investigación y nuevo conocimiento.Objetivo. Describir la producción científica generada desde el año 2001 hasta el 2015 en el área de medicina por las universidades colombianas.Materiales y métodos. Se realizó un estudio de corte transversal revisando la producción científica de los últimos 15 años en la base de datos SCOPUS para las 62 facultades de Medicina registradas ante el Ministerio de Educación Nacional.Resultados. El total de publicaciones científicas en el periodo de observación fue 14 167. Las cinco instituciones con el mayor número de publicaciones fueron Universidad de Antioquia, Universidad Nacional de Colombia, Universidad del Valle, Pontificia Universidad Javeriana y Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario. Las 10 primeras facultades generaron el 78.5% del total de publicaciones.Conclusiones. El volumen de producción científica identificada se concentra en unas pocas facultades de Medicina. Los resultados de este estudio pueden tomarse como un acercamiento a la forma en la que se mide la calidad actual de las instituciones de educación superior en Colombia, en especial en Medicina.