Los pequeños ríos de los Andes tropicales se han estudiado escasamente y poco se conoce sobre la composición, diversidad y estructura de sus comunidades de macrófitas. En esta investigación se estudiaron las comunidades de plantas acuáticas de 18 pequeños ríos andinos pertenecientes a las cuencas de los ríos La Vieja (Quindío) y Otún (Risaralda) en la ecorregión cafetera colombiana. Se buscó evaluar el efecto del uso del suelo sobre la estructura de las comunidades de macrófitas. Para ello se seleccionaron ríos que nacen y discurren exclusivamente en cada uno de los usos del suelo dominantes en cada cuenca. El muestreo se realizó en dos épocas climáticas distintas del año 2006. La vegetación acuática encontrada en las dos cuencas (54 especies, pertenecientes a 25 familias) presentó riqueza y abundancia menores que las reportadas en otros sistemas acuáticos tropicales y estuvo dominada por especies con alta capacidad de adaptación a ambientes cambiantes o alterados. Se encontró que variables ambientales de los ríos asociadas con el tipo de uso del suelo, como la temperatura, la conductividad y el tipo de sustrato, fueron las que principalmente explicaron la estructura de las comunidades de macrófitas. Los ríos de zonas ganaderas, con dominancia de sustrato fino y valores más altos de temperatura y conductividad, presentaron mayor riqueza y abundancia de especies que los ríos de zonas con uso forestal, caracterizados por una alta cobertura arbórea del cauce, menor temperatura, baja concentración de nutrientes y predominancia de sustrato rocoso.