En 191 individuos de la raza bovina criolla Hartón del Valle, se evaluó la infección por los protozoarios Babesia bovis y Babesia bigemina mediante PCR convencional, los polimorfismos del gen BoLA-DRB3,2* mediante PCR-SBT y la asociación entre ambos (Odds Ratio, OR). Los alelos fueron categorizados según su asociación en resistentes (R), susceptibles (S) o neutrales (N) a la infección y los individuos genotipados según la clasificación de sus alelos como: N/N, N/R, N/S, R/R, R/S y S/S. Ningún animal fue positivo a la infección por B. bovis y por tanto no se realizaron estimaciones de asociación. La infección con B. bigemina fue del 13,1%. Se encontraron 36 alelos BoLA-DRB3,2, los más frecuentes fueron el *1101 (0,196), *20012 (0,097), *2006 (0,053) y *2703 (0,053). Se encontró una asociación positiva (p