Introducción: La enfermedad diarreica aguda (EDA) sigue siendo uno de los principales problemas en salud pública en países en desarrollo. Dentro de los agentes infecciosos que causan esta enfermedad se encuentran bacterias, virus y parásitos. Los agentes bacterianos ocupan un segundo lugar destacándose Escherichia coli enteropatógenas entre las más importantes. Actualmente, seis cepas con diferentes mecanismos de patogenicidad están asociados a diarrea E. coli enteropatógena (ECEP), productora de toxina-shiga (ECTS), enterotoxigénica (ECET), enteroinvasiva (ECEI), enteroagregativa (ECEA) y adherente difusa (ECAD), cada una con un set específico de genes de virulencia. No obstante, se han reportado brotes de EDA ocasionados por cepas de E. coli diferentes a los patotipos conocidos, denominadas cepas emergentes. Estos brotes han sido reportados en Alemania, Europa y recientemente en Cartagena Colombia, lo que sugiere que en nuestro medio circulan estas cepas. Por lo cual, es necesario caracterizar estas cepas emergentes. Objetivo: Caracterizar genotípicamente y fenotípicamente dos cepas emergentes de E. coli aisladas de muestras diarreicas en niños menores de cinco años en Bucaramanga, Colombia. Materiales y métodos: De un estudio de casos y controles realizado entre Julio del 2013 y diciembre del 2014 en Bucaramanga y su área metropolitana, Colombia a 860 niños menores de 5 años con diarrea (casos) y sin diarrea (controles). Se aislaron a partir de coprocultivos cepas de E. coli mediante pruebas bioquímicas. A estas cepas previamente almacenadas a -80°C se les determino mediante PCR multiplex los patotipos de E. coli, los cuales posteriormente fueron confirmados mediante PCR simple. Muestras positivas para dos patotipos u otra característica fueron clasificadas como cepas emergentes. Finalmente, estas cepas se caracterizaron fenotípica y genotípicamente. Para ello, se llevaron a cabo pruebas como secuenciación de genes de virulencia, MLST, análisis filogenético, ensayos de adhesión, polimerización de actina, formación de biofilm, PCR simple para más genes de virulencia característicos de cada uno de los patotipos y test de susceptibilidad antimicrobiana. Resultados: Se aislaron 2699 cepas de E. coli mediante pruebas bioquímicas convencionales, de las cuales el 0.18% (5) fueron caracterizadas como cepas emergentes. Entre estas cepas emergentes dos compartían genes positivos para más de un patotipo. La primera cepa positiva para aggR, aaiC, eae, bfpA y la segunda para aggR, aaiC, lt, correspondiendo a E. coli enteroagregativa (EAEC) y E. coli enteropatogénica (EPEC) y E. coli enteroagregativa (EAEC) y E. coli enterotoxigénica (ETEC) respectivamente. Las pruebas realizadas para la caracterización fenotípica y genotípica de estas cepas arrojó resultados contundentes sobre cepas emergentes. Conclusiones: Las pruebas genotípicas y fenotípicas realizadas demostraron que las dos cepas emergentes identificadas comparten características de los patotipos identificados. Este estudio demostró que cepas emergentes de E. coli circulan en Colombia, específicamente en la ciudad de Bucaramanga.