La región andina es considerada un área que alberga una gran diversidad de especies entre ellas las raíces y tubérculos andinos como las ibias (Oxalis tuberosa Molina) y los cubios (Tropaeolum tuberosum Ruíz y Pavón), los cuales constituyen un componente básico de la dieta de las comunidades rurales. Sus tubérculos presentan altos contenidos de metabolitos primarios y secundarios que les confiere propiedades antibióticas, antioxidantes insecticidas, nematicidas, anticancerígenas y diuréticas. Teniendo en cuenta su enorme potencial y que en Boyacá no existen estudios de diversidad genética en estas especies se planteó la caracterización molecular de 10 materiales de ibias y 11 de cubios procedentes de los municipios de Soracá, Ventaquemada, Tuta, San Pedro de Iguaque y el Puente de Boyacá. El análisis mediante el coeficiente de NeiLi diferenció a la población en dos grandes grupos de acuerdo a las características morfológicas del tubérculo y a la especie. La heterocigosidad promedio estimada fue de 0,41 y un coeficiente de diferenciación genética de 0,15. Los resultados obtenidos en este estudio mostraron la existencia de una variabilidad genética a nivel intraespecífico y flujo genético entre las dos especies evaluadas lo cual puede ser aprovechado en esquemas de mejoramiento tendientes a la producción de híbridos y la explotación de los efectos heteróticos. Palabras clave: