El atlas del homicidio en Colombia es una representación visual de la expansión y agravamiento del conflicto armado interno en las décadas más mortales: 1990 a 2009. Sin embargo, el subregistro de la mortalidad sigue siendo un problema en la mayoría de los países en desarrollo, más notablemente en el estudio de causas específicas de muerte en áreas pequeñas. Este documento propone un Método Espacial Bayesiano para identificar el subregistro de la mortalidad en los municipios. Los mapas de probabilidad ayudan a identificar los municipios subregistrados en Colombia que coinciden con el aumento de la violencia a principios del siglo XXI, no capturada en sistemas del registro vitales. También muestra que las mujeres sufren mayores problemas de subregistro que los hombres. Los atlas del homicidio corregidos facilitan la interpretación y la metodología propuesta demuestra ser una buena fuente de identificación del subregistro en poblaciones pequeñas.