Con la Modelación Matemática se pueden describir y predecir algunos problemas asociados al medio ambiente, sistemas físicos y mejorar los procesos de ingeniería. Este análisis puede hacerse con ayuda de Ecuaciones Diferenciales mediante la observación de dichos fenómenos. Cuando se desea enseñar Modelación Matemática, a partir de Ecuaciones Diferenciales como herramienta en la formación de ingenieros, tanto el docente como el alumno respectivos se enfrentan a algunos obstáculos tales como: Cognitivos, Epistemológicos, Didácticos, que pueden presentar dificultades en las actividades diseñadas para tal fin. Por medio de este trabajo se desea identificar algunos de estos obstáculos, mediante análisis cualitativo, usando la técnica de la Teoría Fundamentada, al hacer modelación con estudiantes de Ingeniería, adscritos a un curso de Ecuaciones Diferenciales en la Unidad Central del Valle del Cauca.