El cubio (Tropaeolum tuberosum Ruiz y Pavón) es un tubérculo básico en la dieta de las comunidades andinas. Es un cultivo rústico, con buena adaptación y usos medicinales. Los agricultores de las zonas altas de Boyacá conservan cultivares de tubérculos como cubios, rubas e ibias, que hacen parte de su patrimonio cultural, sin embargo, en los últimos años, este germoplasma está siendo amenazado por la erosión genética causada por factores ambientales y antrópicos. No existen estudios de caracterización molecular de este germoplasma en Boyacá, por lo cual esta investigación se orientó hacia la identificación de la diversidad de once genotipos de cubios, procedentes de los municipios de Ventaquemada y San Pedro de Iguaque, utilizando siete marcadores Microsatélites Amplificados al Azar (RAMs). El análisis de similitud diferenció a los cultivares en dos grandes grupos, de acuerdo con características relacionadas con el tubérculo (color y forma). Los valores de heterocigosidad estimada estuvieron comprendidos entre 0,25 y 0,42 para los cebadores CGA y AG, respectivamente, lo cual es bajo si se compara con los resultados obtenidos en otras especies tuberosas. El valor promedio de heterocigosidad de la población fue de 0,35 y junto con el análisis de varianza molecular y el Fst muestran la existencia de variabilidad genética en los cultivares evaluados, la cual debe tenerse en cuenta en los programas de conservación y mejoramiento genético de los tubérculos andinos.