En Colombia desde el ano 2005, se ha venido implementado el programa de estimacion poblacional para las especies de delfines de rio de los generos Inia y Sotalia en las cuencas de los rios Amazonas y Orinoco. Se presentan estimaciones de densidad, tamano de grupo y poblacion para Inia geoffrensis geoffrensis, Inia geoffrensis humboldltiana y Sotalia fluviatilis en cinco diferentes tipos de habitat (rio principal, confluencia, canales, lagos e islas) en diferentes ecosistemas acuaticos asociados a las cuencas de los rios Amazonas y Orinoco. Se logro establecer que tipos de habitats como confluencias y lagos fueron los lugares donde se registraron los mayores valores para la densidad de las especies I. g. humboldtiana, I. g. geoffrensis y S. fluviatilis. Algunas de las confluencias mas importantes (hot spots) identificadas para los delfines de rio durante la investigacion, han sido propuestas como areas prioritarias para la conservacion de la biodiversidad en la cuenca debido a que la presencia de los delfines constituye una valiosa herramienta al ser empleados como especies sombrilla en las diferentes iniciativas de conservacion a escala regional como el rio Bita en la cuenca del Orinoco y los sistemas lagunares de Tarapoto en el Amazonas en proceso de designacion de area RAMSAR. El tamano poblacional y densidad para los delfines de rio en cada tipo de habitat se ven afectados por tensores ambientales de origen antropico y las variables ecohidrahulicas presentes en los sistemas acuaticos evaluados.