El ficoperifíton cumple un papel fundamental en la dinámica de los humedales, pues posee atributos importantes para la bioindicación ya que es sensible a modificaciones del medio en el que habita. El propósito del presente trabajo es determinar la composición y estructura del ensamble ficoperifítico asociado a las raíces de macrófitas en una ciénaga tropical del noroccidente de Colombia. Se realizaron tres muestreos (junio de 2015, setiembre de 2015 y enero de 2016) en tres estaciones localizadas en la zona oriental de la ciénaga. En cada estación se recolectaron muestras de 5 cm2 de raíces de tres individuos de cada macrófita dominante, simultáneamente, se midieron in situ variables físicas y químicas del agua (pH, conductividad, oxígeno, temperatura, profundidad, extinción de luz, sólidos sedimentables y radiación). Se reportan 81 morfoespecies, siendo las diatomeas y clorófitas las algas dominantes. La macrófita Eichhornia crassipes fue el sustrato con mayor riqueza y densidad algal. Cymbella, Gomphonema, Monoraphidium y Cosmarium fueron considerados como colonizadores exitosos, encontrándose en la mayoría de los sustratos evaluados. Las algas perifíticas por su alta tasa de reciclaje de nutrientes han de desempeñar un papel fundamental en la dinámica de este humedal.