El objetivo del presente trabajo fue evaluar la variabilidad del contenido de pigmentos fotosintéticos y la conductancia estomática diaria en relación con las variables ambientales en ecotipos de copoazú (Theobroma grandi orum). Los ecotipos utilizados formaban parte del banco de germoplasma de la Universidad de la Amazonia (Colombia). El estudio se realizó durante el año 2015. Se colectaron cuatro hojas del estrato medio de cuatro plantas por cada ecotipo, para hacer extracción y lecturas a diferentes niveles de absorbancia para determinar el contenido de pigmentos fotosintéticos. Durante las 04:00 a 18:00 h se monitoreó la conductancia estomática (gs) respecto a variables ambientales (humedad relativa, temperatura del aire, radiación y dé cit de presión de vapor (DPV). Se hizo un análisis de varianza utilizando la prueba de Tukey, se realizaron correlaciones y regresiones entre gs y variables ambientales. Los contenidos de cloro la a, b, total y carotenoides entre ecotipos fueron diferentes (P<0,0001), el ecotipo UA-31 presentó los mayores valores, contrastando con el ecotipo UA-37. A nivel de gs, la interacción ecotipo*hora presentaron diferencias signi cativas (P<0,0001). En promedio los ecotipos que presentaron mayores valores de gs fueron UA-67 y UA-039, esta variable presentó correlación negativa con temperatura (-0,84; P<0,0001), radiación (-0,91; P<0,0001) y DPV (-0,94; P<0,0001) contrario a lo presentado para humedad (0,90; P<0,0001). Los resultados sugieren que los ecotipos UA-039 y UA-31 fueron los más adecuados en cuanto al intercambio gaseoso y contenido de pigmentos fotosintéticos.