El artículo presenta el análisis del desarrollo del pensamiento de árbol (tree thinking) en estudiantes de Noveno (9°) grado de educación secundaria de un colegio público en Bogotá (Colombia). Se utilizó un enfoque cualitativo para estudiar las explicaciones, los argumentos y las representaciones esquemáticas de los estudiantes acerca de las relaciones evolutivas entre algunas especies y su ancestro común. Para esto se usaron transcripciones de episodios de clase y notas de campo de los investigadores. Las representaciones de los estudiantes se contrastaron con los tipos de errores en la lectura y la construcción de árboles que la literatura especializada ha reportado. La investigación concluye que si bien los estudiantes mejoraron su capacidad de desarrollar el pensamiento en árbol y construir relaciones evolutivas, el uso de este tipo de representación requiere de una adecuada preparación del profesor que le permita tener en mente y superar las dificultades que en este trabajo se documentan y que se han referido en las investigaciones al respecto.