Objetivo. Identificar cuáles características fenotípicas craneofaciales presentes en padres pueden estar asociadas a la presencia de FLPNS en su descendencia. Métodos. Esta investigación fue aprobada por el comité de ética de la facultad de odontología de la Pontificia Universidad Javeriana. En este estudio de casos y controles fueron evaluadas fotografías faciales de frente y perfil y radiografías posteroanterioresde una muestra total de 237 padres provenientes de Bogotá y Pasto. El Grupo caso estuvo representado por 130padres de niños con FLPNS y un grupo control de 107 padres y madres de niños sin historia de FLPNS en la familia la. El análisis de la información se realizó mediante estadística descriptiva, análisis bivariado, multivariado y análisis de correlación. Chi cuadrado de Pearson donde p< 0,05 se definió como estadísticamente significativo, con intervalo de confianza de 95% y OR >1,5 como riesgo para desarrollo de FLPNS Resultados. Los padres del grupo caso y del grupo control presentaron mayor frecuencia de asimetría fluctuante en la población procedente de Pasto (p<0,024). Al comparar casos y controles entre las dos ciudades se encontró una asociación estadísticamente significativa entre la presencia de FLPNS en los hijos y un tercio medio facial aumentado en sus padres en las fotografías y las radiografías (p<0,021 OR=2,95; p<0,013 OR=1,7 respectivamente). Conclusiones. Algunas características fenotípicas faciales y esqueléticas presentes en padres pueden aumentar la susceptibilidad de presentar FLPNS en su descendencia.