La estructura organizacional es tema de alto interés académico por su relación con la estrategia y otros aspectos empresariales, por ello el objetivo de este trabajo es determinar en las micro, pequeñas, y medianas empresas de Colombia el impacto de la departamentalización sobre su innovación, específicamente en productos/servicios, procesos, gestión y globalmente. Para ello se realizó un estudio empírico de corte transversal e inferencial utilizándose regresiones lineales para procesar las respuestas de 1201 directivos de estas organizaciones, a quienes se consultó sobre el número de departamentos y la innovación en sus firmas. Los resultados muestran las organizaciones estudiadas en un nivel medio de departamentalización y confirman el impacto positivo de la especialización en la estructura sobre los tipos de innovación analizados (a excepción de procesos). Se concluye que la academia y las entidades de fomento deben apoyar a las empresas en su proceso de departamentalización equilibrando sus costos y beneficios.