Se determinó el efecto de dos métodos diferentes de extracción sobre el rendimiento y composición de extractos lipídicos de pulpa de chontaduro o pejibaye (Bactris gasipaes Kunth), cosechados en cuatro diferentes localidades de la región pacífica colombiana. Los métodos de extracción evaluados fueron Soxhlet con hexano, y extracción por fluido supercrítico con CO2 (EFS CO2) a 26,890 MPa y 330 K. Para los cuatro ecotipos o cultivos estudiados, los resultados muestran un mayor rendimiento de extracción por el método EFS CO2 (4,03-8,28% p/p) en comparación al método Soxhlet (1,5-2,73% p/p). Por otro lado, la caracterización de los lípidos de los diferentes ecotipos, realizada a través de cromatografía de gases con detector de ionización de llama (FID), muestra un alto contenido de ácidos grasos insaturados, similar al aceite de oliva y otras oleaginosas: 36,23-51,89% p/p de ácido oleico, 2,38-8,82% p/p de ácido linoleico, y 0,22-1,58% p/p de ácido linolénico, no presentando diferencias significativas de dichos contenidos para ambos métodos. Del mismo modo, el contenido de lípidos del fruto de chontaduro, corroboran su potencial como una muy buena fuente de ácidos grasos esenciales.