Se realizó una investigación histórica y socio-jurídica sobre el funcionamiento de la Jurisdicción Especial Indígena para ubicar las tensiones y dificultades entre la jurisdicción ordinaria. El estudio determinó que existen relaciones no amigables entre justicia indígena y la justicia ordinaria y una negación de la aplicación de la Ley de Origen como forma válida de solución de conflictos de los pueblos indígenas en Colombia. Como principal resultado se evidenció la imposibilidad del sistema jurídico colombiano de armonizar el pluralismo jurídico creado en la Constitución Nacional de Colombia, por lo cual la Jurisdicción Especial Indígena es forma de supervivencia y reivindicación de los grupos indígenas en Colombia. Como alternativa de salida se propone la incorporación de esquemas democráticos deliberativos para sociedades multiétnicas.