El uso de herbicidas ha tenido un impacto grande sobre la producción agrícola y sin duda ha aumentado la producción en muchas cosechas. Desafortunadamente, la aplicación de herbicidas puede tener efectos negativos sobre otras especies nativas aledañas al cultivo. Con el fin de establecer si el herbicida glifosato afecta negativamente a la orquídea terrestre Epidendrum melinanthum y sus hongos endófitos aislados de la raíz, se evaluaron tres dosis de Round Up® en keikis y en hongos endófitos previamente aislados. Las dosis de aplicación se determinaron a partir de la utilizada para la maduración en caña de azúcar (1.5 l/Ha equivalentes a 544.5 g de glifosato/l) de la siguiente manera: a) control (sin herbicida), b) dosis de aplicación en caña de un décimo y c) una centésima parte de la dosis de maduración. Se observó en keikis el cambio de coloración en tallo y en hojas, adicional a la caída de las mismas. El Round Up generó afectación en uno de los tres hongos estudiados en forma de un halo de inhibición. Se concluye, que el glifosato afecta negativamente las estructuras foliares de los keikis de manera rápida al aplicar el herbicida sobre las hojas, en adición a la inhibición de un hongos endófitos de Epidendrum melinanthum. Estos aspectos sugieren el potencial negativo del herbicida sobre la especie estudiada y su microflora asociada.