Introducción: Anopheles punctimacula s.l. es un vector de la malaria de importancia local en Colombia. A pesar de su importancia epidemiológica, se conoce poco sobre su variabilidad genética en las áreas endémicas para la malaria donde se encuentra presente. Entre estas, las regiones de El Bajo Cauca y Alto Sinú son las que reportan el mayor número de casos anuales de malaria en el país. Por ello, el objetivo de este trabajo fue evaluar la variabilidad genética de An. punctimacula s.l. en dos localidades de cada región, Nechí y Montería. El conocimiento obtenido permitirá orientar el diseño de medidas de control vectorial dirigidas y efectivas.
 Materiales y métodos: A partir del ADN de 20 hembras de Anopheles punctimacula s.l., se amplificaron los fragmentos del gen mitocondrial COI y el nuclear CPS-CAD. Se estimaron parámetros de diversidad nucleotídica, diversidad haplotípica, estructura genética y flujo de genes para las poblaciones.
 Resultados: Se obtuvieron 18 secuencias de cada marcador; de un tamaño de 719 pb para el gen CPS-CAD y de 1.158 pb para COI. En las secuencias CPS-CAD se detectaron cuatro sitios polimórficos y en las de COI, seis. Los análisis de estructura genética para CPS-CAD (FST= 0,00054) y COI (FST= 0,00049;), indicaron ausencia de diferenciación genética y los valores de Nm (CPS-CAD= 7.78562; COI= 780.5199), evidencian un alto flujo de genes entre las poblaciones de An. punctimacula s.l. de ambos municipios.
 Conclusiones: Dada la baja estructuración detectada y el alto flujo de genes entre las poblaciones de An. punctimacula s.l. de Nechí y Montería sugieren que ellas son genéticamente similares.