El objetivo de este estudio fue caracterizar y comparar el sedimento de estanques piscícolas comerciales de cachama blanca y tilapia rojadurante dos ciclos productivos. El sedimento fue muestreado en tres puntos del estanque y para cada especie fueron seleccionados tres estanques al azar. La materia orgánica, el pH, el fósforo disponible, los macro y micronutrientes fueron comparados entre ciclos por especie. El sedimento de estanques con cachama no fue diferente entre ciclos, excepto en calcio (P<0.05), pH, potasio y cobre (P<0.01). Entre tanto, materia orgánica, fósforo disponible (P<0.05) y cobre (P<0.01) fueron las variables con diferencia significativa entre ciclos en los sedimentos de los estanques de tilapia. El valor medio de materia orgánica (1.8%) fue inferior en los estanques de tilapia lo que podría estar asociado con la acción bioturbadora de la especie que contribuye con el proceso de mineralización de la materia orgánica.