Entre los principales puntos oscuros y dudosos que se consideran en este trabajo, se incluyen, por ejemplo, las contradicciones y ambigüedades observadas por algunos autores en materia de balance y cierre de libros, las discrepancias existentes entre diversos pasajes del tratado, que dan pie para la hipótesis de que dicho tratado se compone en realidad, de dos textos yuxtapuestos escritos en distinto momento y ocasión, las posibles diferencias entre dos sistemas de pago de las compraventas que Pacioli distingue expresamente: por ditta y por scritta di banco, algunas ambigüedades en relación con la forma de llevar las cuentas con los bancos y organismos oficiales, diversas instrucciones aparentemente paradójicas y encontradas entre sí concernientes a la colocación de las cuentas en el libro mayor, indicación de la fecha en los asientos de este libro, etc.