El estudio de algas del perifiton en humedales tropicales, permite interpretar la dinámica de estos ecosistemas con importancia ecológica y con vocación para ofrecer diferentes servicios a la población humana. El propósito de este trabajo fue determinar la estructura del ensamble ficoperifítico y evaluar su agremiación o preferencia de sustrato (macrófitas), en una ciénaga tropical. Se registraron 48 especies, los grupos de clorófitas y diatomeas, fueron dominantes. El ensamble algal mostró baja variación en cuanto a los índices comunitarios (diversidad, dominancia, riqueza), sin embargo se hallaron diferencias en las abundancias del ficoperifiton de cada una de las macrófitas evaluadas. También se encontraron diferencias en cuanto a la selectividad de sustrato de algunas especies tales como Closterium kuetzingii (Brébisson), Cocconeis placentula (Ehrenberg) y Hantzschia sp. (Ehrenberg), las cuales solo estuvieron presentes en las raíces de Eichhornia crassipes, a su vez Coelastrum sphaericum (Nägeli) solo se encontró en raíces de Pistia stratiotes. Se da el primer registro de la especie Ankistrodesmus fusiformis (Corda), para las ciénagas del departamento del Magdalena.