Debido a la ausencia de información varietal de la mandarina (Citrus reticulata L.) ‘Arrayana‘ en el piedemonte Llanero del departamento del Meta (Colombia), se realizó una caracterización morfo-agronómica y molecular de árboles comerciales de mandarina de 10 años de edad del Centro de Investigación La Libertad de Corpoica ubicado en Villavicencio (Meta). Para la descripción morfológica se utilizaron los descriptores sugeridos por el Instituto Internacional de Recursos Genéticos (IPGRI), mientras que en la caracterización molecular, se utilizó la técnica de marcadores moleculares del tipo AFLP. La variación molecular detectada por AFLP mostró en los diez individuos de la mandarina ‘Arrayana‘ los mismos fragmentos para cada una de las accesiones, identificando individuos genéticamente iguales formando un solo grupo, lo que estaría relacionado con la propagación clonal y con características nucelares. Igualmente, se detectó uniformidad en los caracteres morfo-agronómicos, relacionados con las principales características hortícolas, lo cual señala niveles de homogeneidad, que permiten clasificar la población como una variedad.