El marchitamiento vascular ocasionado por el hongo Fusarium oxysporum se considera el principal limitante en la producción de uchuva (Physalis peruviana) en Colombia. Se han identificado genotipos de P. peruviana y la especie relacionada P. floridana con diferentes niveles de reacción a F. oxysporum. En el presente estudio, se evaluaron los genotipos con el fin de complementar el conocimiento de la diversidad citogenética en Physalis y el diseño de estrategias de hibridación como apoyo al mejoramiento del cultivo de la uchuva. Se determinó el número de cromosomas en células en división mitótica de ápices radicales de plantas cultivadas in vitro, para lo cual se estimó como hora mitótica promedio las 12:00 para P. peruviana, y las 10:00 para P. floridana. Se encontraron dotaciones cromosómicas de 2n = 4x = 48 y 2n = 2x = 24 para cada una de las dos especies. Adicionalmente, se realizó un análisis por citometría de flujo, en el cual se detectó variación en el contenido de ADN nuclear en P. peruviana con 2,33 pg para el genotipo 2n = 24 y entre 5,77 y 8,12 pg para los genotipos 2n = 48. En P. floridana el contenido de ADN fue 2,29 pg para el genotipo con número cromosómico 2n = 24 y 4,03 pg para el genotipo 2n = 48. Se encontró un efecto significativo (α = 0,01) del número de cromosomas sobre el contenido de ADN nuclear para las dos especies.