<p class="p1"> </p><p class="p2"><span class="s1"> </span>El objetivo de este trabajo fue identificar aislamientos patogénicos de <em>Fusarium </em>en frutos de pitahaya amarilla afectados por pudrición basal. La caracterización molecular se realizó en diecisiete aislamientos asociados con la enfermedad, colectados en zonas productoras de pitahaya amarilla de los departamentos del Valle del Cauca, Risaralda, Boyacá y Cundinamarca, en Colombia. Se usó PCR con los cebadores ITS1 – ITS4 y TEF1α. Las secuencias de los productos de PCR se compararon con las registradas en el Cento Nacional de Información Biotecnológica (NCBI, por sus siglas en inglés), y se alinearon usando Clustal W2, se construyeron las relaciones filogenéticas con el programa MEGA 6 con el coeficiente de máxima verosimilitud. Los resultados de secuenciación para los marcadores mostraron que los aislamientos patogénicos correspondieron a <em>F. oxysporum</em>. El concepto filogenético confirmó que la pudrición basal de la pitahaya amarilla fue causada por <em>F. oxysporum</em>. Se identificó además una especie de <em>Fusarium </em>no reportada en el GenBank.</p>