Las terapias alternativas son cada vez mas utilizadas en la atencion en salud. Actualmente la mayoria de las entidades de salud que prestan dichos servicios realizan el registro de estas intervenciones terapeuticas de forma manual, lo cual produce inconvenientes como: posible perdida de informacion, falta de control y seguimiento del paciente, falta de interaccion e interoperabilidad con la historia clinica convencional, e imposibilidad de desarrollar estudios estadisticos con informacion proveniente de dichos registros. El presente articulo presenta un sistema de gestion de informacion para una historia clinica electronica en terapias alternativas, basado en un modelo conceptual, y un modelo de interoperabilidad basado en el estandar Health Level 7 (HL7). Para el diseno del modelo conceptual, ademas de la revision bibliografica, se desarrollo una investigacion de tipo mixto, con un diseno observacional descriptivo mediante una muestra a conveniencia, conformada por siete docentes y once expertos en terapias alternativas. Se indago acerca de las caracteristicas de los instrumentos y herramientas utilizados por los expertos para la gestion de la informacion. Una vez finalizada la propuesta del modelo, esta fue validada por los expertos. Para el modelo de interoperabilidad se consideraron los aspectos tecnicos y sintacticos al disenar una arquitectura de servicios para el envio y recepcion de mensajes. En cuanto a la interoperabilidad sintactica, se diseno una estructura de mensaje segun HL7 con informacion de pacientes.