La microbiota oral es uno de los ecosistemas microbianos mas antiguos en ser reconocido, y su descripcion inicia en 1863 cuando Anton van Leeuwenhoek observa por primera vez en el microscopio a estos microorganismos en placas dentales. En la actualidad, las tecnicas de secuenciacion y el analisis del genoma a gran escala ha permitido construir bases de datos genomicas, realizar linajes microbianos especificos y conocer que no solamente hacen parte de la microbiota oral humana unos 600 o 700 taxones, sino que se estima que el numero de filotipos podrian estar en alrededor de 19000. Todo este conocimiento es en una herramienta valiosa para la identificacion correcta de las bacterias que estan involucradas en complejas biopeliculas orales y nos facilitaria asi comprender su potencial genetico. Ademas, nos permitiria entender y dilucidar mejor la patologia oral, y conocer si los cambios que predisponen a la enfermedad ocurren primero en el huesped o por el contrario a nivel microbiano. En conclusion, el estudio del metagenoma de la microbiota no solo de la cavidad oral es clave para la creacion de herramientas diagnosticas y terapeuticas que repercutiran en la calidad de vida de los pacientes. Esta revision pone en contexto lo que se ha publicado en los ultimos anos en este tema. Knowledge of the microbiota of the oral cavity through the metagenomic The oral microbiota is one of the oldest microbial ecosystems recognized. The oral microbiota description began in 1863 when Anton van Leeuwenhoek observed, using the microscope, microorganisms in dental plaque. Recently, DNA sequencing and genome analysis have allowed researchers to build large-scale genomic databases, characterize specific microbial lineages, and discover that the human oral microbiota is compose by approximately 600 to 700 taxa and 19000 phylotypes. All this knowledge is a valuable tool for the precise identification of the bacteria that are involved in complex oral biofilms. In addition, the characterization of oral microbiota will allow us to understand different oral pathologies, and to know whether changes that predispose to a disease, occur first in the host or conversely at the microbial level. In conclusion, the study of the metagenome of the oral cavity microbiota is key to develop new diagnostic and therapeutic tools that will improve the quality of the patients life. This review puts into context what has been published in recent years on this subject. Key words: Oral microbiota, metagenomics, oral cavity, dental plaque.