El objetivo de este trabajo fue determinar la variabilidad genética de las poblaciones de gatos domésticos (Felis catus) utilizando genes que codifican la coloración, el diseño y longitud del pelaje en Magangué, Bolívar-Colombia. Un total de 297 gatos fueron fenotipados mediante observaciones directas realizados en recorridos por las zonas urbanas en Magangué, atendiendo a los marcadores fenotípicos: Orange, Agouti, Tabby, Dilution, Long hair, Spotting white y Dominant white. Se calcularon los parámetros genéticos poblacionales: frecuencia alélica, diversidad genética, flujo génico, equilibrio Hardy-Weinberg y distancia genética y se infirieron las relaciones filogenéticas entre las poblaciones de gatos. Se encontró que el marcador Non-agouti fue el de mayor frecuencia, mientras los genes Tabby blotched y Dominant white presentaron los valores más bajos. La mayor parte de la diversidad genética se encontró dentro de poblaciones y poca entre poblaciones, así como un elevado flujo génico. Se observó un exceso de heterocigotos a nivel poblacional y no hubo equilibrio Hardy-Weinberg. Las poblaciones se encuentran muy relacionadas genéticamente; además se evidenció una posible selección natural y artificial de los marcadores Non-agouti y Spotting white.