El embalse de Betania es uno de los cuerpos de agua lénticos más importantes de Colombia, no solo por su importancia como generador de energía eléctrica sino por su uso como fuente de productividad económica a través de la piscicultura. Durante más de un año, se realizaron muestreos combinados de fitoplancton en diez estaciones del embalse de Betania. Las muestras se llevaron a un análisis cualitativo-cuantitativo, con el fin de poder establecer mediante el uso de índices ecológicos (Shannon-Weiver, Índice de Equidad de Pielou, Whilm y Dorris), el nivel de contaminación del agua y determinar si existe alguna fluctuación de ésta, entre las diferentes estaciones a lo largo del año. Los resultados permitieron concluir que el embalse de Betania presenta niveles de eutrofización, que se ven reflejados en la composición de organismos planctónicos registrados en los puntos de muestreo. Este proceso se intensifica cuando disminuyen las lluvias y coincide con una mayor mortandad de los peces. Es importante tomar medidas de manejo apropiadas, si se pretende prolongar la vida útil de este cuerpo de agua.