Objetivos: Identificar el perfil epidemiológico y factores de riesgo para el desarrollo de labio hendido con o sin paladar hendido y de paladar hendido en población colombiana que vive a alturas mayores de 2000 metros sobre el nivel del mar (msnm). Material y métodos: El presente es un estudio de casos y controles. Obtuvimos información de 6 hospitales en el periodo de tiempo entre el año 2001 y 2006. Analizamos la lateralidad y presentación por sexo de las malformaciones, también diferentes variables maternas, neonatales y familiares como factores de riesgo para el desarrollo de hendiduras. Resultados: Encontramos 37 casos no sindrómicos de labio hendido con o sin paladar y 13 de paladar hendido, recolectamos información de 137 y 52 controles respectivamente. En ambas entidades la lateralidad, presentación por sexo, peso al nacer y edad gestacional concuerdan con lo descrito en la literatura para poblaciones a menos de 2000 msnm. El uso prenatal de ácido fólico produjo un aumento del riesgo de labio hendido con o sin paladar. Conclusión: El perfil epidemiológico en poblaciones que viven a una altura mayor a 2000 msnm del labio hendido con o sin compromiso del paladar y del paladar hendido es similar al observado en poblaciones a nivel del mar. Se requieren estudios adicionales que evalúen si el labio hendido con o sin compromiso del paladar se asocia al uso de ácido fólico prenatal. La altura al nivel del mar puede ser un factor ambiental importante que ocasione el desarrollo de paladar hendido.