Durante los años 2004 y 2005 se observaron síntomas de la leprosis de los cítricos en los departamentos de Meta y Casanare. Para confirmar la causa de esta sintomatología, se colectaron hojas de naranja ‘Valencia’ con lesiones típicas en municipios de Casanare (Yopal y Aguazul) y Meta (Guamal, Villavicencio y Cumaral). Las muestras fueron procesadas identificar el virus por medio de microscopía electrónica de transmisión (MET) y transcripción reversa - reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR). Diez de las 21 muestras analizadas por MET resultaron positivas para el virus de la leprosis (Citrus Leprosis Virus, CiLV-C). En algunas muestras se observaron partículas baciliformes características del CiLV-C en el retículo endoplasmático y formas irregularles de viroplasmas en el citoplasma. Catorce de las 32 muestras procesadas por RT-PCR resultaron positivas al CiLV-C. Los análisis RT-PCR amplificaron fragmentos de cADN del tamaño esperado para las muestras colectadas en el Meta. Una de las ampliaciones fue secuenciada (GenBank accessión No. DQ272491) y la secuencia obtenida guarda identidad del 98% con la secuencia brasilera aislada de nucleótidos para CiLV-C (GenBank accessión No. AY289190.1). La secuencia obtenida y los primers fueron entregados al Instituto Colombiano Agropecuario —ICA— para el diagnóstico del virus CiLV-C en Colombia. Entre los ácaros recolectados en las plantas afectadas se identificó a Brevipalpus phoenicis (Geijskes) reconocido como principal vector de CiLV-C.