Los bosques secos tropicales son considerados como ecosistemas amenazados en Colombia, porque están localizados en áreas con actividades humanas intensivas. Sin embargo, los efectos de la pérdida de hábitat sobre la distribución y abundancia de murciélagos en esta región es poco conocida. En este estudio se analizó la riqueza de especies, composición y abundancia relativa de los murciélagos en tres tipos de vegetación con diferente grado de intervención en el Bosque Seco Tropical de Nariño (Mesi: Matorral espinoso seco intervenido, Mesc: Matorral espinoso seco conservado, Bsi: Bosque semideciduo intervenido), Colombia. Para ello se capturaron ejemplares con 10 redes de neblina durante ocho noches en cada tipo de vegetación, para un total de 24 noches. Se registraron nueve especies a partir de la captura de 60 ejemplares. El Mesc (6 especies) presentó la mayor riqueza, mientras que Mesi presentó la menor riqueza de especies (4 especies), lo cual puede estar relacionado con el grado de perturbación de la zona. El índice de Sorensen (0,33-0,38) indicó que las tres poblaciones podrían representar un solo ensamblaje. Las especies de mayor abundancia fueron Artibeus lituratus (Mesi), A. planirostris (Bsi) y Carollia perspicillata (Mesc), las cuales se han relacionado con vegetación que presentan algún grado de intervención o en regeneración. Criterios como la baja riqueza de especies, la dominancia de las tres especies mencionadas y la presencia de Desmodus rotundus sugieren que el grado de intervención es similar en los tres tipos de vegetación. Por lo tanto es necesario establecer programas de conservación de murciélagos y proyectos de restauración en el área.