<p><strong>Introducción.</strong> En las últimas décadas, el análisis de los genes mitocondriales se ha utilizado en los estudios poblacionales y filogenéticos de garrapatas, lo cual ha permitido numerosos avances en la sistemática de estos ácaros. El gen mitocondrial de la subunidad 16S del ARN ribosómico (<em>16S</em>) es uno de los más usados, mientras que el gen mitocondrial de la citocromo oxidasa 1 (<em>COX1</em>) se ha empleado recientemente y se propone como un marcador genético alternativo frente al <em>16S</em>.<br /><strong>Objetivo.</strong> Evaluar la utilidad de los genes <em>16S</em> y <em>COX1</em> en los estudios genéticos de las garrapatas mediante el análisis de secuencias en tres especies de la región Caribe de Colombia.<br /><strong>Resultados.</strong> El análisis de secuencias mostró que los dos genes permitieron identificar las tres especies con mucha confiabilidad y con niveles de divergencia genética interespecífica relativamente similares (19 a 22 %), aunque solo el gen <em>COX1</em> permitió detectar la variabilidad genética intraespecífica (hasta de ~0,8 %). El análisis de saturación de sustituciones indicó que el gen 16S no se saturó con transiciones, mientras que el <em>COX1</em> mostró saturación a partir de distancias de ~17 %.<br /><strong>Conclusión.</strong> Los resultados indicaron que el gen 16S parece tener mejores características para los análisis filogenéticos interespecíficos dada su alta divergencia genética y baja saturación de transiciones, mientras que el gen <em>COX1</em> parece ser más útil para estudios de variabilidad genética intraespecífica. Sin embargo, dado que el estudio se hizo a escala local, se requieren más investigaciones en diferentes escalas biogeográficas para establecer su utilidad en circunstancias más amplias y complejas.</p>