El ejercicio de la objeción de conciencia en Colombia, como negativa de los profesionales de la Medicina a cumplir con la obligación de practicar un aborto (procedimiento terapéutico conocido como interrupción voluntaria del embarazo, IVE), en los tres casos despenalizados por la Corte Constitucional en el año 2006, fue tratado como un asunto menor por el máximo Tribunal Constitucional y por las autoridades administrativas, legislativas y demás judiciales. Mediante una reconstrucción de la dogmática sobre la objeción de conciencia, que evidencia los fallidos intentos de regulación o reglamentación, se pretende argumentar una propuesta de autorregulación de la profesión médica, por medio de sus organizaciones profesionales, fundamentada en las teorías de filósofos como Rawls, Habermas y Fraser. Se ofrece un enfoque deliberativo y en clave de discurso de contrapúblicos, que posibilite el goce efectivo del derecho a la objeción de conciencia.