Los efectos antropogenicos sobre las coberturas naturales han resultado en un mosaico semi-natural, que consiste en parches de habitats con diferentes niveles de perturbacion. La intensificacion de las acciones humanas sobre los ecosistemas naturales ha alcanzado niveles sin precedentes al punto que se ha sugerido recurrentemente que la modificacion masiva de habitats naturales en fragmentos pequenos y aislados es la mayor causa de la extincion de especies. Objetivo: Establecer la influencia de la intervencion antropica en la diversidad de murcielagos del distrito biogeografico Alto Atrato-San Juan en la Selva Pluvial Central del Choco Biogeografico colombiano. Metodologia: Se efectuaron muestreos con 20 redes de niebla de seis metros y 20 de 12 m. en los diferentes estratos del bosque (sotobosque (0-3 m), subdosel (4-7 m) y dosel (>8 m) desde la 18:00 horas 6:00 horas, en tres zonas con diferentes niveles de perturbacion: Crecimiento Viejo, Crecimiento secundario e Intervencion Permanente, para realizar comparaciones en la estructura y composicion del ensamblaje de murcielagos filostomidos. Resultados: Con un esfuerzo de muestreo de 99.894 horas/metro/red, se obtuvo un exito de captura de 0,0095 individuos/horas/metro/red, al capturar 949 individuos pertenecientes a siete subfamilias, 21 generos y 37 especies. El Crecimiento secundario presento una diferencia en riqueza del 19% (7 especies) con respecto al numero de especies potenciales. Visto de otra manera se podria decir que este tipo de bosques logran mantener un 62% de las especies reportadas para la region. En la zona de Intervencion Permanente, la perdida de especies con respecto al numero potencial fue del 38% (14 especies). Conclusion: Artibeus lituturatus fue la especie mas comun, mientras que especies de las subfamilias Phyllostominae y Micronycterinae, resultaron ser el grupo de especies mas sensibles a la intervencion. A nivel de zonas, el crecimiento secundario registro un porcentaje significativo de la riqueza potencial de areas conservadas (81%), llamando la atencion sobre su importancia en el desarrollo de planes de conservacion.