El mucílago y la pulpa de café, son subproductos semilíquidos involucrados en la generación de aguas residuales con alta concentración de materia orgánica y diversas especies de microorganismos, afectando negativamente la eficiencia de los tratamientos tradicionales, que requieren hasta cinco meses para la descontaminación total de este tipo de aguas. Esto demanda la evaluación de diferentes técnicas de tratamiento, que mejoren la eficiencia de los procesos tradicionales. Se evaluó la electrocoagulación con electrodos Fe/Al, 2.3 A y pH natural, en la reducción de la demanda química de oxígeno y algunos microorganismos, presentes en mucílago de café. El proceso electroquímico propició una remoción máxima de 93% para bacterias coliformes, mohos y levaduras, en un tiempo de tratamiento de 50 min. La reducción de la demanda química de oxígeno fue 32% para la muestra sin diluir, 45% para la muestra diluida al 50% (v/v) y 51%, para las muestra diluida al 25% (v/v); indicando una mejor eficiencia con la disminución de la materia orgánica. El consumo energético fue inferior a los 0.083 kWh/m3, para las muestras analizadas. Esta técnica es una alternativa adecuada para el pre-tratamiento o reutilización de aguas contaminadas con mucílago de café.