El incremento de la telefonía celular y el aumento de sistemas inalámbricos de diagnóstico y transmisión de datos dentro del ámbito hospitalario, originan contaminación de campos electromagnéticos (CEM) en áreas críticas de los hospitales; estos CEMs pueden interferir en el correcto funcionamiento de los equipos electromédicos; en este artículo se analizan los aspectos fundamentales para el diseño e implementación de protocolos de medición y certificación de niveles de intensidad de campos electromagnéticos no ionizantes de alta y baja frecuencia, aplicables a ambientes clínico-hospitalarios, acordes con la normatividad nacional e internacional existente para tal fin; como resultado más importante se obtuvo el diseño e implementación de los protocolos de medición, teniendo en cuenta que estos cumplen con los requisitos de competencia técnica necesarios para realizar las respectivas mediciones.