Myotis planiceps (flat-headed myotis) was known from only 3 specimens collected from 3 different sites in the states of Coahuila, Nuevo Leon, and Zacatecas, Mexico, since its discovery in 1952. The last specimen was collected in 1970; in 1996, after efforts to recollect samples failed, the species was listed as extinct. However, an expedition in 2004 rediscovered a population of M. planiceps and the species was relisted as endangered. Members of this species have a conspicuously flattened cranium, speculated to be an adaptation for living in crevices; however, little is known about its biology and, to date, little work has been done to clarify its phylogenetic relationships with other members of the genus Myotis . In order to elucidate the placement of M. planiceps within the Myotis phylogeny, we sequenced 1,140 base pairs (bps) of the mitochondrial cytochrome- b gene ( Cytb ) and 1,148 bps of the nuclear Recombination Activating Gene 2 ( rag2 ) from 7 samples collected from 4 different localities in north-central Mexico. We found 4 different haplotypes for Cytb that differed by 0.14% mean sequence divergence and 13 alleles for rag2 within samples of M. planiceps . We performed maximum parsimony, maximum likelihood, and Bayesian analyses to compare these samples with Myotis sequences available on GenBank. All reconstructions placed M. planiceps within a strongly supported clade including several Nearctic Myotis ( M. volans , M. sodalis , M. lucifugus , M. thysanodes , and M. evotis ). M. planiceps forms a paraphyletic relationship with M. volans , despite significant differences in skull morphology between the 2 species. Myotis planiceps (Myotis de cabeza plana) era conocido a partir de sólo 3 especímenes recolectados en 3 sitios diferentes en los estados de Coahuila, Nuevo León y Zacatecas, México, desde su descubrimiento en 1952. El último ejemplar se colectó en 1970 y la especie fue declarada extinta en 1996, después de que fallaron los esfuerzos para recolectar más muestras. Sin embargo, durante una expedición en 2004 se redescubrió una población de M. planiceps y la especie fue recategorizada bajo Peligro de Extinción. Los miembros de esta especie tienen un cráneo visiblemente aplanado, rasgo que se especula sería una adaptación para vivir en las grietas; sin embargo, se sabe poco sobre su biología y, hasta la fecha, poco se ha hecho para aclarar sus relaciones filogenéticas con otros miembros del género Myotis . Con el fin de dilucidar la posición de M. planiceps dentro de la filogenia de Myotis , secuenciamos 1140 pb del gen mitocondrial citocromo-b ( Cytb ) y 1148 pb del gen nuclear Activador de la Recombinación 2 ( rag2 ) a partir de 7 muestras recolectadas de 4 localidades diferentes en la región norte-central de México. Encontramos 4 haplotípos diferentes para Cytb que presentaron un promedio de divergencia de secuencia de 0.14%, y 13 alelos del gen rag2 en muestras de M. planiceps . Realizamos análisis de máxima parsimonia, máxima verosimilitud y Bayesiano para comparar estas muestras con otras secuencias de Myotis disponibles en GenBank. Todas las reconstrucciones ubican a M. planiceps dentro de un clado bien soportado que incluye también a varios Myotis del Neártico ( M. volans , M. sodalis , M. lucifugus , M. thysanodes , y M. evotis ). M. planiceps forma una relación parafilética con M. volans , a pesar de diferencias significativas en la morfología del cráneo entre estas especies.