Mediante marcadores RAPDs se determinó la variabilidad genética de aislamientos de Tricoderma spp. encontrándose alto polimorfismo con los primeros OPA 03, OPD 05, OPA 01 y OPB 01. La variación molecular observada fue baja (26%) entre las poblaciones de Trichoderma spp. identificadas por su origen geográfico como Ipiales, Pupiales y Gualmatán. En contraste la variación dentro de las poblaciones fue alta, superando el 70%. Las especies de Trichoderma spp. encontradas no mostraron una relación con el origen geográfico. Los aislados se agruparon con base en la diversidad genética de Jaccard. El rango de distancia genética entre los distintos aislamientos estuvo entre 0,37 y 1,42. La especie más frecuente fue T. harzianum que mostró alta variación al estar presente en todos los agrupamientos.