El tomate de árbol (<em>Solanum betaceum</em> Cav.) en el Ecuador, presenta una severa reducción en el rendimiento y producción, atribuida mayormente al ataque de la enfermedad antracnosis (<em>Colletotrichum acutatum</em> J.H. Simmonds). Con base a esta problemática, se ha optado por evaluar estratégicamente genotipos mejorados de tomate de árbol provenientes de la cruza [(<em>S. unilobum</em> x <em>S. betaceum</em>) x <em>S. betaceum</em>] x <em>S. betaceum</em>, con algún grado de resistencia a la antracnosis para generar una alternativa de manejo sostenible al ataque de esta enfermedad, la cual presenta una respuesta altamente detrimental en los cultivares comerciales tradicionalmente sembrados en la zona de estudio (Pelileo- Provincia del Tungurahua, Ecuador). Se encontraron diferencias significativas entre los grupos analizados tanto en variables de color de fruto y pulpa, así como en la variable cuantitativa de rendimiento, destacándose dos grupos (G1 y G5) por su bajo umbral de incidencia a la antracnosis; aunque en las variables productivas presentaron un menor avance. Un índice de selección basado en z-scores, permitió identificar individuos superiores en relación al grado de resistencia a la enfermedad y calidad del fruto. Los componentes genéticos de las variables fenotípicas evaluadas, demostraron que gran parte de la variabilidad genética observada se debe a los genotipos y muy poco a la variabilidad ambiental.