La planificación ambiental hídrica en cuencas hidrográficas debe involucrar diferentes elementos para la descontaminación del cuerpo de agua receptor. Es por ello que para la selección de las plantas de tratamiento de aguas residuales municipales en países en vía de desarrollo se deben considerar, entre otros aspectos, la composición típica del agua residual cruda, la eficiencia de remoción de contaminantes por tipo de tecnología, indicadores de desempeño por tecnología, aspectos ambientales sobre localización y la estrategia espacial para la localización. Este artículo presenta la metodología desarrollada por los autores, construida con base en los aspectos técnicos, económicos y ambientales, como una herramienta para la toma de decisión de inversiones futuras de plantas de tratamiento de aguas residuales municipales con elementos multidisciplinarios.