El objetivo de este trabajo fue estandarizar un protocolo bajo un proceso analitico jerarquico (AHP), para evaluar el uso y la pertinencia de los laboratorios virtuales o practicas academicas simuladas en un ambiente virtual de aprendizaje de la educacion superior a distancia. Para el efecto se siguio un enfoque cuantitativo, tipo descriptivo, para evaluar y categorizar jerarquicamente tres laboratorios virtuales comerciales de quimica. En el proceso participaron diez estudiantes y siete profesores expertos en cursos teoricos practicos, ofertados en aula virtual bajo la plataforma Moodle. Los criterios analizados fueron: funcionalidad (FUN), fiabilidad (FIA), usabilidad (USAB), eficiencia (EFI), mantenibilidad (MAB), portabilidad (POR), aspectos tecnicos (ASPT), aspectos psicopedagogicos (ASPS), aspectos comunicacionales (ASPC) y los aspectos administrativos (ASPA) de los laboratorios virtuales. El analisis y la jerarquizacion de los criterios y los laboratorios virtuales (LVs) con estas variables se realizaron matrices de comparacion pareadas. La razon de consistencia entre las decisiones pareadas que realizaron los evaluadores fue de 0.05885, y al ser esta menor a 0.10, se concluye que es una metodologia pertinente para analizar y evaluar objetivamente laboratorios virtuales y ademas los clasifica jerarquicamente, acorde con sus atributos.