Se evaluó mediante veinte microsatélites la variación genética de tres poblaciones de cerdos en Córdoba-Colombia. Todos los loci estudiados fueron polimórficos con una heterocigosidad observada que osciló en un rango de 0.2 a 84.2 % (con una media de 68.6 %) y una heterocigosidad esperada que varió entre 5.6 a 83.8 % (con una media de 70.2 %). El valor del contenido de información polimórfica (PIC) para todos los marcadores analizados fluctuó entre 0.17 (el menos informativo) y 0.83 (el más informativo). El nivel de diferenciación genética FST entre pares de poblaciones varió en el rango de 0.07 a 0.11, siendo estadísticamente significativo en todos los pares analizados. En conclusión, los niveles de heterogocidad esperada encontrados en el presente estudio, indican que el cerdo doméstico en Córdoba, muestra un alto grado de variabilidad genética. De igual manera, la identidad genética de Nei y el estadístico FST indican cercanía genética entre las poblaciones de Momil y Cereté, a las que se une Tierralta, indicio de migración entre esas tres poblaciones, pero manteniendo cada una su identidad genética.