Dado que la naciente República de Colombia se proclamó heredera del derecho de Patronato ejercido durante el período hispánico por la Corona española, en el poder ejecutivo republicano recayó el Patronato sobre el Colegio Mayor que, durante los siglos coloniales, había estado en manos de los presidentes de la Audiencia primero y de los virreyes después, en su calidad de vicepatronos como representantes directos del Monarca.