En este trabajo abordamos el tema de la aplicacion del principio de favorabilidad en materia de competencia, bajo el esquema de coexistencia de sistemas procesales. Para posibilitar su desarrollo conceptual-practico hemos acudido a la vigencia de la Ley 733 de 2002, Ley 6000 del 20000 y Ley 906 de 2004. En esos cuerpos normativos podemos observar con absoluta claridad como se ha presentado unas modificaciones en torno a la competencia funcional y como el modelo procesal penal de corte acusatorio (Ley 906 de 2004) resulta mas benigno que el consagrado en Ley 733 de 2002. Por lo tanto, a partir del estudio comparado de dichas normas y de los principios constitucionales de favorabilidad e igualdad, juez natural y otros hemos concluido que la competencia es una norma sustancial de efectos sustanciales y por lo tanto es de aplicacion inmediata. La jurisprudencia de la Corte Suprema de Justicia que prorroga la competencia del Juez especializado resulta contraria a la Constitucion Politica de Colombia. La propuesta final se encamina a hacer efectivo los principios de favorabilidad y el cambio de competencia en el transito de legislacion estudiado.