En este artículo se presenta el sistema de control automático para un proceso de fermentación de caña de azúcar en la producción de alcohol carburante con Saccharomyces Cerevisae. Para el diseño del controlador se utilizó el modelo de Monod, propuesto por “Zoltan Kalman Nagy”. El modelo tiene en cuenta el comportamiento oscilatorio del proceso de cultivo y fermentación continuade la Saccharomyces Cerevisae. Luego del análisis dinámico se proponen dos estructuras de control, un PID clásico y un sistema inteligente por lógica difusa. En la simulación de la aplicación se evidencia un adecuado desempeño para el proceso alrededor del punto de operación para la temperatura y la concentración de etanol.