El continuo avance de la nanotecnología así como sus aplicaciones en el mejoramiento de la agricultura son una realidad; sin embargo, la información que se posee del impacto de este tipo de tecnología sobre los sistemas biomoleculares es muy escasa. El objetivo del presente documento es construir, desde un punto de vista molecular, un panorama del estado actual de las investigaciones en torno al efecto de las nanopartículas metálicas sobre los microorganismos (MOs) y de este modo contribuir, desde una base teórica, al entendimiento de las posibles interacciones que tienen lugar entre estos materiales y los sistemas biomoleculares de los MOs cuando este tipo de sustancias son liberadas al medioambiente, en particular, en agroecosistemas direccionados a la producción de alimentos. Se concluye que la incertidumbre asociada al efecto de las nanopartículas metálicas (M-NPs) sobre los MOs sigue siendo muy grande, y que en consecuencia, mayores estudios deben ser realizados. En términos generales, las M-NPs pueden interaccionar con biomoléculas mediante diferentes mecanismos que pueden operar de forma simultánea, siendo amplio el espectro de variables que determinan su efecto.