Antecedentes. Es importante mantener un control de la calidad microbiologica del agua utilizada en los procedimientos odontologicos. Objetivo. Evaluar la calidad bacteriologica del agua empleada en las unidades odontologicas de una clinica universitaria en el oriente de Colombia. Materiales y metodos. Muestreo de seis unidades odontologicas escogidas aleatoriamente que contaban con sistema cerrado; de cada una de ellas se tomaron tres muestras de instrumentos diferentes: pieza de mano de alta velocidad, jeringa triple y tanque. La tecnica utilizada para el recuento bacteriologico fue filtracion por membrana y la identificacion de los microorganismos se realizo con pruebas bioquimicas rapidas Crystal BBL®. Resultados. La investigacion revelo un alto grado de contaminacion bacteriana que no cumple con los parametros microbiologicos establecidos en la Resolucion 2115 de 2007 y en la Norma Tecnica Colombiana para agua potable. Se evidencio la presencia de Coliformes totales en un 94,4%, Escherichia coli en un 16,6% y Enterococcus spp. en un 88,8% de las 18 muestras analizadas. Los recuentos de Coliformes totales, Escherichia coli y Enterococcus spp. por medio de UFC/100mL no mostraron diferencias estadisticas en los tres instrumentos analizados P=0,927, P=0,996 y P=0,0396 (Kruskal-Wallis). Adicionalmente se identifico Pseudomonas spp., microorganismo oportunista en pacientes inmunosuprimidos. Conclusiones. La clinica debe mejorar sus protocolos o adoptar otros, para asi disminuir el riesgo de contraer cualquier tipo de infeccion.